幻肢痛对很多截肢患者来说都是迫切需要解决的问题，但是现在的暂时没有好的解决方式，偶尔出现、痛感轻微的患者，可以不用采取特殊治疗，会自行逐渐消失。针对持续、频繁、严重的患者，需要采用物理治疗、心理治疗、手术治疗等方式。 治疗幻肢痛的药物中如吗啡、哌替啶等，是老年幻肢痛患者的首选用药，但这类药物容易上瘾，有可能产生便秘等副作用。
卡马西平、加巴喷丁、苯妥英钠等，对幻肢痛也有明显的缓解作用，但长期服用会逐渐产生耐药性。
相关研究显示降钙素与N-甲基-D-天冬氨酸受体拮抗剂氯胺酮，两种药物一起使用可以缓解一部分幻肢痛病人的疼痛，但不是对所有患者都有效果。
神经-免疫-内分泌系统调节剂具有缓解幻肢痛的疗效，不易产生耐药性，副作用比较小。 外科手术治疗幻肢痛的方法有残肢端修整术、脊髓前外侧切断术、丘脑切开术、脊神经根入口损毁术、颅内刺激术、和交感神经切除术等。
主要是通过外科手术毁损痛觉刺激传入神经的环节，比如痛觉中枢，来缓解疼痛。但持续时间较短，时间长可以能会复发，并发症也较多。因此，外科手术疗法在治疗幻肢痛的效果并不是很理想。 刺激疗法、脉冲电刺激疗法、磁疗和蜡疗、干扰电疗、按摩、水疗等，可以缓解搏动样和压迫性幻肢痛。 截肢患者有可能产生失眠、寡言、多虑、忧郁、有轻生想法等不良情绪。可利用催眠、松弛、合理的情绪疗法进行心理治疗，不仅可以有效缓解幻肢痛，还可以减少压力和抑郁。 神经阻滞疗法：神经阻滞是临床上治疗幻肢痛的常用方法之一，包括外周神经阻滞、交感神经节阻滞、硬膜外或蛛网膜下腔阻滞等方法。
穿戴假肢：尽早穿戴假肢可减轻幻肢痛，加强运动疗法，以期传送新末梢部的脉冲。